Начало восстания сепаратистов
Самым серьезным вызовом национальной безопасности России явилось сепаратистское движение в Чечне, которое развивалось под руководством генерала Джохара Дудаева. Опираясь на поддержку влиятельных чеченских тейпов и Общенациональный конгресс чеченского народа, Дудаев занял непримиримую позицию в отношении России. В конце 1991 г. он распустил Верховный Совет Чечено-Ингушской Республики во главе с Доку Завгаевым и объявил о суверенности Чеченской Республики. В его руках оказалась значительная часть имущества и вооружений советских войск в Чечне, включая авиацию и бронетехнику. Резолюцию Верховного Совета и предупреждения Президента России о незаконности «дудаевского режима» Грозный проигнорировал. Там возник плацдарм чеченского экстремизма и международного терроризма.
«Самодеятельность» Дудаева, создававшего прецедент открытого неповиновения Москве, могла стать примером для других субъектов Федерации и объективно угрожала территориальной целостности России.
Вскоре и среди самих чеченцев началась борьба за сферы влияния, которая при вмешательстве федеральной администрации и силовых структур вылилась в гражданскую войну.
Попытка навести конституционный порядок
11 декабря 1994 г. началась операция федеральных войск по освобождению Грозного, приведшая к многочисленным жертвам среди мирных жителей и военных.
До лета 1995 г. на территории Чечни шла настоящая война, в ходе которой погибли десятки тысяч военнослужащих, чеченских боевиков и мирных жителей. Военные действия получили международный резонанс. Дудаеву помогали исламские организации разных стран. Однако ему не удалось использовать религиозный фактор в чеченском сопротивлении и объединить на этой почве народы Чечни и Северного Кавказа.
К середине 1995 г. чеченские боевики были локализованы превосходящими силами федеральных войск в горных районах на юге республики, а около 600 тыс. жителей нашли приют в соседних республиках. Боевики перешли к тактике террора. 14 июня 1995 г. группа Шамиля Басаева совершила нападение на больницу в г. Будённовск Ставропольского края.
Подписание Хасавюртовских соглашений
Чтобы избежать массовых жертв, российское правительство пошло на переговоры с представителями Дудаева, которые завершились в июле подписанием соглашения об установлении мира. Хотя чеченские сепаратисты продолжали вооруженный террор, война так и не вышла за пределы этой автономии.
В условиях острого противостояния в верхах проявилась новая вспышка чеченского сепаратизма. Достигнутые в августе 1996 г. Хасавюртовские соглашения о прекращении войны и выводе из Чечни федеральных войск соблюдались недолго. На выборах президента Чеченской Республики, состоявшихся 27 января 1997 г., победу одержал Аслан Масхадов. Под давлением ваххабитов он приостановил деятельность местного парламента и ввел шариатское законодательство. В Чечне попирались элементарные права граждан и творилось беззаконие.
Когда в начале августа 1999 г. произошло нападение чеченских террористов на Дагестан, эти селения, находившиеся под контролем ваххабитов, примкнули к ним. В Ботлихском районе Дагестана самопровозглашенная Исламская шура приняла декларацию о восстановлении Исламского государства Дагестан. Чеченский командир Ш. Басаев был провозглашен эмиром (правителем) этого государства.
Победа федеральных сил над террористами
9 августа 1999 г. Президент Б. Н. Ельцин отправил в отставку С. В. Степашина и назначил исполняющим обязанности премьера В. В. Путина, руководившего до этого Федеральной службой безопасности. Перед ним была поставлена задача ликвидировать очаг войны в Дагестане и Чечне.
Чтобы пресечь терроризм, правительство начало специальную операцию на Северном Кавказе силами регулярной армии и частей МВД. К началу октября Дагестан и часть территории Чечни были освобождены от боевиков. В ответ президент Масхадов объявил в Чечне военное положение и призвал соотечественников к священной войне с Россией. Население, не поддержав его, уходило в соседние республики, преимущественно в Ингушетию, а федеральные войска к концу 1999 г. взяли под свой контроль почти всю территорию Чеченской Республики.
В июне 2000 г. В. В. Путин упразднил представительство правительства РФ в Чечне и ввел прямое президентское правление. Главой администрации республики – высшего исполнительного органа государственной власти ЧР – был назначен Ахмат Кадыров, который прежде был муфтием – духовным лидером всех мусульман республики. Ему удалось стабилизировать положение в Чечне. У чеченского народа появилась надежда на возрождение мирной жизни.
В летне-осенние месяцы 2000 г. фактически прекратились открытые и масштабные военные столкновения в Чечне. 23 марта 2003 г. в Чечне прошел референдум в поддержку конституции, а в сентябре парламент республики сместил с должности президента Масхадова.
5 октября того же года население избрало президентом ЧР А. Кадырова (погиб 9 мая 2004 г. в результате теракта). Следующим президентом Чечни был А. Алханов, а с начала 2007 г. эту должность занял сын погибшего лидера ЧР Рамзан Кадыров.