Метагеномика

Метагеномика в диагностической вирусологии

Применение методов метагеномики при оценке разнообразия микробиома осетровых, выращиваемых в УЗВ

С целью определения структуры естественного микробиома осетров, выращиваемых в условиях установок замкнутого водоснабжения (УЗВ) были изучены образцы с наиболее контактируемых участков тела и систем органов рыб (поверхность кожного покрова, органов дыхания и пищеварения рыб). В качестве исходного материала для исследований использованы взятые от десяти условно-здоровых особей рыб кусочки плавников, фрагменты жаберных лепестков и содержимое кишечника шипа из двух посадочных бассейнов. Для проведения исследования метагенома осетровых рыб было проведены: выделение ДНК образцов согласно с инструкцией изготовителя наборов; анализ нуклеотидной последовательности фрагментов и обработку полученных последовательностей проводили с помощью общепринятых методов. Уровень разнообразия сообществ оценивался по следующим экологическим показателям: коэффициенты Симпсона (eveness), Chao (richness) и Шеннона. Для оценки разнообразия между сообществами (Бета-разнообразие) был проведен кластерный анализ....