Дидезоксинуклеотид

Использование MALDI-ToF минисеквенирования для детекции генетически измененных вариантов возбудителя холеры

Для детекции генетически измененных вариантов V. cholerae eltor, характеризующихся наличием однонуклеотидных полиморфизмов в гене ctxB, предложен метод минисеквенирования с MALDI-ToF масс-спектрометрическим анализом продуктов реакции с подобранными зондами, прилегающими к 115 и 203 позициям указанного ранее гена. При масс-спектрометрическом анализе результатов реакции минисеквенирования штаммов V. cholerae eltor, изолированных при эпидемических осложнениях на территории Сибири и Дальнего Востока, выявлены масс-спектры, соответствующие значениям молекулярных масс зондов (ctxB115, ctxB203) и достроившихся комплементарно к точкам соответствующих замен (T/C) дидезоксинуклеотидов (ddTTP, ddCTP). Для исследуемых штаммов V. cholerae eltor, изолированных в 70-х годах XX столетия установлена элонгация обоих зондов дидезокситимидином, что свидетельствует о присутствии в их геноме характерной для типичных представителей V. cholerae eltor ctxB3 аллели с тимином в 115 и 203 позициях. Для V. chol...