Диктатура Тайра
В 1156 году между бывшим императором Сутоку и правителем Го-Сиракава случился конфликт, разбивший род Фудзивара на две стороны. В столице начались вооруженные столкновения.
Большое влияние получили самураи.
В 1159 году начался новый виток борьбы, в результате которого Минамото-но Ёситомо потерпел поражение. Киёмори стал первым из самураев, вступивших на должность Министра высшей политики. Он устранил из императорского окружения знать и отдал свою дочь в жены императору. Это дало возможность представителям рода Тайра вступить на верховные должности и завладеть большими территориями. Также, они нажили состояние на торговле с империей Сун.
В результате сформировалась сильная оппозиция роду Тайра. Самым мощным противником был Минамото-но Ёритомо, после конфликта 1159 года отправленный в край Идзу. Обосновавшись, он взял власть над местными самураями, и направил свое войско против Киёмори. В новом противостоянии между Минамото и Тайр, род Тайра потерпел поражение в сражении под Данноурой в 1185 году.
Сегунат и эпоха Камакура (1185 год—1333 год)
После устранения рода Тайра императорский дом дал право Ёритомо устанавливать во всех частях государства военных губернаторов и земельных вождей, контролировавших частные и государственные земельные наделы. Уничтожив род Фудзивара и подчинив регион Тохоку, Минамото стал верховным владыкой самураев. В 1192 году ему был присвоен титул «Великий сёгун — завоеватель варваров», и он создал сегунат в Камакуре – правительство самураев. Так в Японии сложились две системы управления — в Киото имперско-аристократическая, и в Камакуре самурайская. Вторая строилась на взаимосвязи между сёгуном и самураями, владеющими землями гокэнин. Сёгун обеспечивал сохранность старых наделов и за хорошую службу дарил новые; в ответ гокэнин были ему преданны.
После смерти Ёритомо его подданные из рода Ходзё устранили часть влиятельных самурайских владык и взяли власть в государстве в свои руки. После уничтожения третьего сёгуна из Минамото этот титул потерял ценность. Род Ходзё назначал правителями Камакурского правительства аристократов или членов Императорской семьи и через них управлял государством. В 1221 году экс-император Го-Тоба в Киото поднял восстание против сёгуната, но он было провалено, а самурайские правители завладели западными провинциями Японии. В 1232 году Ходзё Ясутоки принял устав самураев, «Список наказаний», который стал образцом для будущих законотворцев.
В середине тринадцатого века в Азии была создана Монгольская империя, периодически направлявшая в Японию делегации с призывом подчиниться Великому хану. Поскольку императорский Дом и сёгунат были солидарны относительно независимости государства, все послы были убиты. В 1274 и 1281 годах войско монголов нападало на Японский архипелаг, но было разбито тайфунами и армией самураев. Не наградив вассалов, сёгунат подорвал доверие к себе.
Во второй половине тринадцатого века большое число самураев потеряли средства, на которые жили. Ради их спасения сёгунат в 1297 году принял «Указ благодатного правления», который снял долги и принудил ростовщиков отдать без процентов закладчикам-самураям заложенные имущество и землю. Однако указ не покончил с бедностью военного сословия, и даже усугубил его, так как самураям больше никто не давал взаймы. Популярность Камакурского правительства упала.
Реставрация Кэмму и война двух династий
С упадком сёгуната в XIV веке Ходзё взяли курс на централизацию управления, вызвав недовольство самураев в регионах. Император Го-Дайго, воспользовавшись ситуацией, поднял восстание сегуната, но, потерпев поражение, был выслан на острова Оки. Его сын Мориёси продолжал борьбу и при помощи провинциальных самураев долгое время противостоял армии Ходзё. Когда Император Го-Дайго сбежал из ссылки в 1333 году, его сторону заняла региональная знать. Им удалось ликвидировать сегунские органы власти в Киото и успешно атаковать Камакуру.
После возвращения в столицу императора Го-Дайго началась реставрация Кэмму, в которой планировалось возрождение древних монархических порядков и формирование нового правительства из придворных аристократов и знати. Но на практике реформы улучшили жизнь придворных, оставив нерешёнными проблемы самураев. Бывший сторонник императора, Асикага Такаудзи, восстал против правительства «реставраторов». В 1336 году захватив Киото, он посадил нового императора и издал «Список Кэмму», провозгласивший основание нового сёгуната в столице. Император Го-Дайго сбежал в район Ёсино и провозгласил повстанцев «врагами трона». Таким образом в стране начались гражданская война и период двух династий: южной в Ёсино и северной в Киото.
Второй сёгунат и период Муромати
Эпоху сёгуната Муромати называют периодом Муромати (1338—1573). В отличие от прежних режимов этот сёгунат взял курс на децентрализацию. Военным губернаторам сюго было предоставлено право присваивать в регионе половину налогов, что заставило их поддерживать малоземельных самураев.
Реформы способствовали привлечению на сторону правительства японской знати, но превратили губернаторов в мощных властителей, часто пренебрегавших приказами центра.
В 1392 году при правлении сёгуна Асикага Ёсимицу две ветви императорского дома объединились. При помощи советников ему удалось поставить под контроль военных губернаторов. Сёгун взял ряд политических функций и стал общеяпонским правительством. Для управления восточными землями Ёсимицу создал камакурскую администрацию, а для развития экономики начал вести торговлю с Китаем и Кореей. Также он вёл борьбу с контрабандистами и пиратами.
После его смерти сёгунат начал терять контроль над регионами. Власть в стране захватили военные губернаторы. В 1467 году вследствие противостояния советников Хосокавы и Яманы по вопросу назначении следующего сегуна вспыхнула смута Онин, начавшая длительные междоусобицы самурайства (1467—1615). Сёгун полностью утратил роль всеяпонского лидера. Нормой стали социальные потрясения: мятежи феодалов и восстания низов. Например, в провинции Ямасиро в 1486 году самураи выгнали чиновников и 8 лет сами управляли регионом, а в 1488 году в провинции Кага последователи секты дзёдо-синсю захватили власть и удерживали её почти век.
В начале XVI века новыми лидерами постепенно становятся главы местных самурайских родов, сбросивших своих недавних хозяев — военных губернаторов. Эти главы, называемые даймё, прерывали отношения с центральной властью и формировали собственные родовые «государства». Конфискуя в свою пользу частные и государственные земли, они переставали платить налоги в столицу и создавали крупные армии из местной знати. Их резиденции находились в горных замках. У их подножий закладывались торгово-ремесленные поселения. В ряде таких «государств» устанавливались удельные законы, выполнявшие функции уголовного и земельного кодексов.
