Все микроорганизмы относятся к двум группа живых организмов – клеточные (бактерии, грибы, растения, животные) и неклеточные (вирусные, вироиды, прионы).
Классификация организмов вообще и микробов в частности, основана на генетическом родстве (при этом учитываются геном ядра или нуклеоида, митохондрий, последовательности молекул рибосомальной РНК, особенности биосинтетического аппарата), морфология, физиология, и серология.
Основные таксономические группы микроорганизмов
Основная систематическая единица организмов – вид. Вид - совокупность особей единого происхождения, имеющих одинаковый набор генов (геном), объединенных на основании морфологического, географического, репродуктивного и генетического критерия и отделенных от других видов рода.
Название вида оформляется по бинарной номенклатуре, разработанной К. Линнеем. Название каждого вида организма состоит из двух слов, при этом первое это название рода, всегда пишется с прописной буквы, а второе название собственно вида, пишется со строчной буквы. При втором упоминании одного и того же вида в тексте родовое название принято сокращать до начальной буквы.
Чистая культура - совокупность микроорганизмов, выращенных на одной питательной среде, характеризующаяся сходными свойствами клеток. Описываются чистые культуры по морфологическим, тинкториальным, культуральным, биохимическим и антигенным свойствам.
Штамм - чистая культура микроорганизмов, выделенная из одного источника и отличающаяся от других представителей вида. Клон группа микроорганизмов полученная при размножении одной единственной клетки.
«Вары» – группы микроорганизмов, чаще возбудителей, отличающиеся по каким-либо свойствам (внешним признакам, устойчивостью, строением антигено и т. д).
Таким образом, выделяются морфовары (отличные по морфологии), резистентовары (отличные по устойчивости к портивомикробным препаратам), серовары (отличные по антигенной структуре), фаговары (отличные по чувствительности к одним и тем же бактериофагам), биовары (отличные по биологическим свойствам возбудителя), хемовары (отличные по биохимическим свойствам).
Основа современной классификации
До бурного развития генетики, а именно до появления генетических методов, таких секвенирование, полимеразная цепная реакция, гибридизация нуклеиновых кислот, основой классификации была морфология. Бактерии делились исходя из их отношения к окраске по Граму. Как выяснилось позже, отличия в окраске возникают из-за различий в строении клеточной стенки. В зависимости от окраски клеточной стенки микроорганизмов делятся на грамположительные, окрашиваемые йодом в сине-фиолетовый цвет, и грамотрицательные, не окрашиваемые йодосодержащими красителями и красящимися другими красителями в красный.
На данный момент основа классификации - степень генетического родства организмов, ее изучают по строению генома, рибосомальных РНК, определению содержания в ДНК гуанинцитозиновых пар (ГЦ-пары), рестрикционным картам генома, гибридизации ДНК. Кроме того, учитываются и морфологические критерии: отношение к окраске по Граму, культуральные и биохимические свойства, антигенная структура.
Не смотря на высокие достижения генетиков и микробиологов из различных отраслей, всё еще остается масса нерешенных вопросов в классификации всех организмов и бактерий и животных и грибов и растений и вирусов. Разрешение этих вопросов на данный момент зависит от финансирования проектов по расшифровке генома живых организмов и их анализе.
