ферменты, разрезающие ДНК в апуриновых или апиримидиновых участках с образованием 5'-концов.
Одной из актуальных задач в изучении репарации ДНК остается выяснение механизма фер ментативного процесса с участием эндонуклеазы APE1, который обеспечивает высокоточное узнавание апуриновых/апиримидиновых (АР) сайтов в ДНК и эффективный гидролиз 5′-фосфодиэфирной связи, играя тем самым важную роль в обеспечении стабильного функционирования ДНК и жизнедеятельности клетки. В настоящей работе проведен термодинамический анализ взаимодействия APE1 с ДНК-субстратом, содержащим аналог АР-сайта, у которого отсутствует OH-группа в положении С1′ 2′-дезоксирибозы (F-сайт). Методом «остановленного потока» с регистрацией изменений интенсивности флуоресценции белка при разных температурах проведен анализ кинетики образования фермент-субстратных комплексов, каталитической стадии и диссоциации комплекса фермента с продуктом реакции. Рассчитаны изменения стандартной свободной энергии Гиббса, энтальпии и энтропии последовательных стадий ферментативного процесса, а также образования переходного состо...
Апуриновая/апиримидиновая эндонуклеаза человека APE1 - один из участников системы эксцизионной репарации оснований ДНК. Основной биологической функцией APE1 считается гидролиз фосфодиэфирной связи с 5′-стороны от АР-сайтов. Как показано недавно, APE1 выступает в качестве эндорибонуклеазы, которая может расщеплять мРНК и тем самым контролировать уровень определенных транскриптов. APE1 расщепляет преимущественно динуклеотиды CA, UA и UG в РНК. В настоящей работе проведен сравнительный анализ эффективности расщепления модельных РНК-субстратов, представляющих собой короткие шпилечные структуры, в которых варьировали размер петли, а также местоположение динуклеотидной последовательности пиримидин-пурин. Выявлено влияние различных ионов двухвалентных металлов и pH на протекание эндорибонуклеазной реакции. Показано, что сайт-специфический гидролиз модельных РНК-субстратов зависит от пространственной структуры субстрата. Кроме того, расщепление РНК происходит в отсутствие ионов двухвалентны...
(лат. буквально «в (на) живом»), то есть «внутри живого организма» или «внутри клетки». В науке in vivo обозначает проведение экспериментов на (или внутри) живой ткани при живом организме. Такое использование термина исключает использование части живого организма (так, как это делается при тестах in vitro) или использование мёртвого организма. Тестирование на животных и клинические испытания являются формами исследования in vivo.
белок, помогающий РНК-полимеразе прекращать транскрипцию в определенных (ρ -зависимых) сайтах.
кровь, богатая углекислым газом.
