Одной из актуальных задач в изучении репарации ДНК остается выяснение механизма фер ментативного процесса с участием эндонуклеазы APE1, который обеспечивает высокоточное узнавание апуриновых/апиримидиновых (АР) сайтов в ДНК и эффективный гидролиз 5′-фосфодиэфирной связи, играя тем самым важную роль в обеспечении стабильного функционирования ДНК и жизнедеятельности клетки. В настоящей работе проведен термодинамический анализ взаимодействия APE1 с ДНК-субстратом, содержащим аналог АР-сайта, у которого отсутствует OH-группа в положении С1′ 2′-дезоксирибозы (F-сайт). Методом «остановленного потока» с регистрацией изменений интенсивности флуоресценции белка при разных температурах проведен анализ кинетики образования фермент-субстратных комплексов, каталитической стадии и диссоциации комплекса фермента с продуктом реакции. Рассчитаны изменения стандартной свободной энергии Гиббса, энтальпии и энтропии последовательных стадий ферментативного процесса, а также образования переходного состо...
Апуриновая/апиримидиновая эндонуклеаза человека APE1 - один из участников системы эксцизионной репарации оснований ДНК. Основной биологической функцией APE1 считается гидролиз фосфодиэфирной связи с 5′-стороны от АР-сайтов. Как показано недавно, APE1 выступает в качестве эндорибонуклеазы, которая может расщеплять мРНК и тем самым контролировать уровень определенных транскриптов. APE1 расщепляет преимущественно динуклеотиды CA, UA и UG в РНК. В настоящей работе проведен сравнительный анализ эффективности расщепления модельных РНК-субстратов, представляющих собой короткие шпилечные структуры, в которых варьировали размер петли, а также местоположение динуклеотидной последовательности пиримидин-пурин. Выявлено влияние различных ионов двухвалентных металлов и pH на протекание эндорибонуклеазной реакции. Показано, что сайт-специфический гидролиз модельных РНК-субстратов зависит от пространственной структуры субстрата. Кроме того, расщепление РНК происходит в отсутствие ионов двухвалентны...