К важнейшим факторам регуляции функциональных свойств белков (ферментов) относится их взаимодействие с различными низкомолекулярными соединениями, а также белок-белковые взаимодействия. К настоящему времени наиболее хорошо изучены молекулярные механизмы действия лигандов, которые связываются в функциональных сайтах белков (активных центрах ферментов), в то время как механизмы аллостерической регуляции или связывания в других центрах изучены недостаточно. Исследования последнего времени показывают, что аллостерия может быть свойством практически всех белков, и для систематического анализа организации и роли различных сайтов, установления взаимосвязи между их структурой, функцией и регуляцией необходимы новые подходы. Современные методы компьютерной биологии, биоинформатики и молекулярного моделирования позволяют вести поиск новых центров связывания регуляторных лигандов, изучать особенности их структурной организации, сходство различных сайтов в гомологичных белках, молекулярные меха...
В последние годы все большее внимание уделяется явлению аллостерии. Это обусловлено как фундаментальным интересом к поиску новых путей регуляции функциональных свойств белков, так и перспективами использования аллостерических сайтов в качестве мишеней для дизайна лекарствен ных препаратов с меньшей токсичностью за счет большей селективности связывания и специфичности ме ханизма действия. Современные методы биоинформатики позволяют в отдельных случаях обнаруживать ранее неизвестные центры связывания лигандов, однако для создания более универсальных и эффектив ных подходов необходимо дальнейшее изучение общих закономерностей и отличительных особенностей структурной организации функциональных (каталитических) и аллостерических сайтов, эволюции их аминокислотных последовательностей в семействах гомологичных белков, а также путей аллостериче ской коммуникации. Эталонный набор CASBench содержит 91 запись о ферментах, в структурах которых на основании экспериментальной информации из баз да...